Quy chế hoạt động của NSA (quyết định số 12333) cho phép tổ chức này quyền được thu thập thông tin "tình báo nước ngoài hoặc phản gián" đồng thời cấm thu thập các "thông tin liên quan tới các hoạt động trong nước của công dân Hoa Kỳ". Trong lãnh thổ Hoa Kỳ, NSA vẫn tuyên bố dựa hoàn toàn vào FBI để lấy các thông tin về các hoạt động tình báo nước ngoài và hạn chế phạm vi hoạt động của mình trong giới hạn các tòa đại sứ và các hoạt động của phái đoàn nước ngoài.

Các hoạt động mô tả dưới đây, đặc biệt là chương trình nghe lén điện thoại và cơ sở dữ liệu cuộc gọi, đã tạo nên những lo ngại về sự lạm dụng quyền lực của NSA.

ECHELON

NSA/CSS cùng với các cơ quan tương đương của Anh (Government Communications Headquarters), Canada (Communications Security Establishment), Australia (Defence Signals Directorate) và New Zealand (Government Communications Security Bureau) còn được gọi là nhóm UKUSA, được cho là đã vận hành một hệ thống có tên là ECHELON. Hệ thống này bị nghi ngờ là có khả năng giám sát phần lớn các luồng thông tin điện thoại, fax và số liệu dân sự trên phạm vi toàn thế giới. Trung tâm quan trọng nhất của ECHELON được đặt ở một trạm của Không quân hoàng gia Anh (RAF) tại Menwith Hill (tọa độ: 54,0162 độ vĩ Bắc, 1,6826 độ kinh Tây) gần Harrogate, Yorkshire. Theo một bài báo đăng trên tờ New York Times ngày 25 tháng 12 năm 2005, một điểm quan trọng khác là ở Sugar Grove, West Virginia (tọa độ: 38,514997 độ vĩ Bắc, 79,28421 độ kinh Tây) nghe lén tất cả các luồng truyền thông quốc tế đến miền đông Hoa Kỳ, còn điểm nằm gần Yakima, Washington (tọa độ: 46,681965 độ vĩ Bắc, 120,357810 độ kinh Tây) thì thu thập các luồng thông tin tới miền tây Hoa Kỳ.

Về mặt kỹ thuật, cùng với sự phát triển và tính chất mở của công nghệ, hầu như tất cả các dạng truyền thông hiện đại (điện thoại, Internet, fax, thông tin vệ tinh) đều có thể bị nghe trộm. Các hoạt động nghe lén của NSA đã tạo ra rất nhiều chỉ trích vì chúng đã xâm phạm đến đời tư của các công dân Hoa Kỳ. Tuy nhiên, điều luật liên quan tới NSA về thu thập thông tin tình báo của Hoa Kỳ (USSID 18) đã cấm hoàn toàn việc nghe lén và lưu trữ thông tin về "các tổ chức, công ty, thực thể và công dân Hoa Kỳ" trừ khi có phê chuẩn bằng văn bản của Tổng chưởng lý Hoa Kỳ (Attorney General). Toà án tối cao Hoa Kỳ cũng có quy định cấm các cơ quan tình báo thực hiện việc theo dõi các công dân Hoa Kỳ. Tuy nhiên trong một số trường hợp đặc biệt (chẳng hạn như vụ 11/9), việc theo dõi trên có thể được thực hiện mà không vi phạm điều luật USSID 18. Tuy nhiên, trong quá khứ [cần dẫn nguồn], đã có dư luận về việc vi phạm điều luật USSID 18 mặc dù các quy định chặt chẽ của NSA nghiêm cấm việc này.

Hệ thống ECHELON cũng gây ra nhiều phẫn nộ đối với công dân các nước bên ngoài liên minh UK/USA vì họ nghi ngờ rằng chính phủ Hoa Kỳ đã sử các thông tin thu thập được với những mục đích bên ngoài an ninh quốc gia trong đó bao gồm cả những mục tiêu chính trị và tình báo kinh tế[cần dẫn nguồn]. Chúng ta cũng cần lưu ý rằng nhiệm vụ của NSA là thu thập các thông tin liên quan tới đảm bảo an ninh quốc gia và các hoạt động tình báo quân sự.

ThinThread

Theo những thông tin của tờ Baltimore Sun vào năm 2006, một chương trình nghe trộm điện thoại có tên là ThinThread được NSA thử nghiệm trong những năm cuối thập kỷ 1990. Chương trình này có thể đã đóng góp công nghệ để sử dụng trong những chương trình sau đó nhưng việc bảo vệ tính riêng tư đã bị loại bỏ sau Sự kiện 11 tháng 9 [9].

Nghe lén điện thoại

Vào ngày 16 tháng 12 năm 2005, tờ New York Times đã đăng một bản tin khẳng định dưới áp lực của Nhà Trắng và mệnh lệnh của tổng thống George W. Bush, trong nỗ lực chống khủng bố, NSA đã thực hiện việc nghe lén (trái luật) đối với các cuộc gọi ra nước ngoài của công dân Hoa Kỳ [10]. Theo tờ báo này: "Nhà Trắng yêu cầu The New York Times không công bố bài báo vì có thể gây ảnh hưởng tới việc điều tra và khiến những kẻ khủng bố trở nên cảnh giác hơn. Sau khi có cuộc họp với những viên chức cấp cao về những điều này, tờ báo đã lùi ngày xuất bản chậm lại 1 năm để tiến hành những báo cáo bổ sung. Một vài thông tin mà những quan chức trên cho rằng có thể có ích cho khủng bố đã được cắt bỏ."

Tin tức về việc nghe lén đã tạo nên sự phản đối kịch liệt từ quốc hội và các tổ chức. Họ coi đây là một sự vi phạm pháp luật và hiến pháp. Thượng nghị sĩ Arlen Specter (R-PA), chủ tịch Ủy ban Tư pháp Thượng viện Hoa Kỳ đã nói rằng "điều đó rõ ràng là không phù hợp", "sai sót một cách hệ thống" và ông ta muốn tổ chức giải trình về vấn đề này trong đầu năm 2006. Yêu cầu điều tra nói trên cũng được Hạ nghị sĩ Rob Simmons (R-CT), chủ tịch tiểu ban Tình báo của Ủy ban An ninh nội địa ủng hộ. Trong một phát biểu của mình, ông ta nói: "Liệu việc nghe lén chỉ được thực hiện để chống khủng bố hay nó còn được dùng cho nhiều việc khác nữa?". Cũng giống như ECHELON (xem phần trước), một số cá nhân cho rằng các chính sách của Nhà Trắng đã mâu thuẫn với Luật thông tin tình báo nước ngoài trong đó có nêu: "Không được cố tình thu thập thông tin liên lạc từ, đến hoặc liên quan tới công dân Hoa Kỳ nếu không được sự cho phép của cấp có thẩm quyền". Thu thập thông tin để chống khủng bố được đề cập trong phần II của Luật Ái quốc Hoa Kỳ (USA Patriot Act).

Ngày 16 tháng 12, Scott McClellan, thư ký báo chí của Nhà Trắng, từ chối bình luận về sự việc này: "không có lý do gì mà chúng ta bàn luận về các hoạt động tình báo đang diễn ra bởi vì điều này có thể khiến các nỗ lực ngăn chặn tấn công của chúng ta trở nên vô ích" [11] Sáng hôm sau, 17 tháng 12, tổng thống Hoa Kỳ đã có bài phát biểu dài 8 phút trực tiếp trên truyền hình thay vì bài phát biểu hàng tuần trên radio khẳng định rằng ông ta đã chấp thuận việc tìm kiếm nghe lén này. Tỏ ra giận dữ, ông ta bảo vệ hành động của mình là "quan trọng cho an ninh quốc gia" và rằng người dân Hoa Kỳ trông chờ vào tổng thống "làm tất cả những việc trong giới hạn quyền lực, trong khuôn khổ hiến pháp và pháp luật, để bảo vệ họ và các quyền tự do" chừng nào mà al-Qaida còn tỏ ra là một mối đe dọa. Ông ta còn dùng những lời nặng nề để nói về những người đã tiết lộ câu chuyện, cho rằng họ đã vi phạm pháp luật: "Việc rò rỉ thông tin không được phép đã làm ảnh hưởng tới an ninh quốc gia và đặt các công dân trong tình trạng nguy hiểm".[12]

Thượng nghị sĩ Russ Feingold (D-WI), trong một cuộc phỏng vấn qua điện thoại với tờ Associated Press, đã cho rằng bài phát biểu của tổng thống cho thấy "mức độ cực đoan đáng ngại". Ông ta còn nói: "Nếu những điều đó đúng thì tổng thống không cần đến Luật Ái quốc vì ông ta có thể tạo ra trong quá trình thực hiện. Ông ta là tổng thống George Bush, chứ không phải là vua Bush. Đây không phải là hệ thống chính phủ của chúng ta và không phải là cái mà chúng ta đã chiến đấu để đạt tới". Trong cuộc phỏng vấn với CNN, Feingold cũng tỏ ra gay gắt không kém: "Chúng ta có một tổng thống, chứ không phải ông vua".[13] Thượng nghị sĩ Patrick Leahy (D-VT), nhân vật cao nhất của Đảng Dân chủ trong Ủy ban Tư pháp, cũng phát biểu: "Chính quyền Bush dường như đã đứng trên pháp luật".

Ở chiều ngược lại, những chỉ trích đối với tiết lộ của tờ NewYork Times cho rằng tổng thống có quyền quyết định việc nghe lén, phù hợp với Quyết định 12333 ban hành dưới thời Ronald Reagan năm 1981.

Bộ Tư pháp Hoa Kỳ đã mở một cuộc điều tra vào cuối tháng 12 năm 2005 để tìm ra nguồn tin đã tiết lộ cho tờ New York Times.

Cơ sở dữ liệu cuộc gọi

Ngày 10 tháng 5 năm 2006, tờ USA Today đăng tin về việc NSA đang vận hành một "cơ sở dữ liệu lớn nhất từng có trên Trái Đất" chứa thông tin của tất cả các cuộc gọi (cả trong nước và quốc tế) thực hiện qua các công ty AT&T, Verizon và BellSouth. Sau khi thừa nhận việc này, chính quyền cũng khẳng định là không thu thập những thông tin như họ tên, địa chỉ và các thông tin cá nhân khác. Cũng giống như các công ty điện thoại lớn khác, Qwest Communications cũng bị yêu cầu cung cấp các thông tin cuộc gọi nhưng đã từ chối thực hiện viện trên cơ sở pháp luật.10 tháng 5 năm 2006-nsa_x.htm

Nghe lén điện thoại của công dân Hoa Kỳ

Trong những năm sau khi Richard Nixon từ chức, có một vài cuộc điều tra về việc lạm dụng các cơ sở của CIA và NSA. Thượng nghị sĩ Frank Church đã chỉ đạo một ủy ban của Thượng viện và tìm ra một số hoạt động mà trước đó chưa được biết đến, chẳng hạn như kế hoạch ám sát Fidel Castro của CIA dưới chỉ đạo của John F. Kennedy và Chưởng lý Robert F. Kennedy. Trong quá trình điều tra, ủy ban cũng phát hiện rằng NSA đã chủ động thực hiện việc nghe lén điện thoại của các công dân Hoa Kỳ.

PRISM

Vào tháng 6 năm 2013, một cựu nhân viên của CIA (Edward Snowden), làm việc cho NSA qua hãng Booz Allen Hamilton tiết lộ, cơ quan này trong chương trình PRISM đã theo dõi các hoạt động trên Internet toàn thế giới bằng cách khai thác các thông tin của các khách hàng các hãng lớn.[14][15] Theo báo chí tường thuật, trong số đó có các hãng như Google, Microsoft, Apple, Facebook, Yahoo, PalTalk, YouTube, Skype und AOL, NSA được quyền truy cập trực tiếp ngay trên các Servers của họ.[16]